最終幻想16在故事構架方面呈現了非常可觀的想象空間，在一個名為瓦里斯澤亞的被水晶庇護的大陸上，存在著羅扎利亞公國、神圣贊布雷克皇國、鐵王國、達爾梅奇亞、沃魯德王國6個國家，其中除了鐵王國，剩余的國家都擁有自己的“母水晶”作為國之根本。
水晶是這個世界的魔法之源，而各國的水晶都來源于母水晶衍生的巨大水晶礦，但在這個世界上，除了普通人類，還有兩種特別的存在，分別是可以變身為巨大召喚獸的能力的“顯化者”，還有不使用水晶就能使用魔法的稟賦者——這些可以直接使用魔法的人和顯化者一樣會面臨身體逐漸石化的痛苦，還會被視為異端。
由于不明原因造成的，無法耕種生物也無法生存的“黑死”區域不斷擴大，各個國家開始處于一個互相傾軋，戰爭連綿的階段，我們的主人公克萊夫便是羅扎利亞公國的第一皇子，但由于沒有獲得“顯化者”，并沒有獲得繼承權，而是作為騎士&稟賦者守護著“不死鳥”化身的弟弟約書亞。
就這個設定其實冰火味還滿足的：冰狼托加爾+不受歡迎的黑發兒子克萊夫，這不就是囧斯諾?島上的鐵王國，約等于鐵群島。其中的角色殺伐果斷，也讓人耳目一新——克萊夫在故事一開始就面臨著老爹遇刺、不死鳥弟弟在自己面前慘死于本不可能存在的第二只火之召喚獸伊芙利特之手、自己被賣為奴隸的悲慘境地......直到多年后，他作為刺殺者前往鐵王國軍隊中刺殺對方化行者時，才發現對方竟然是自己的青梅竹馬吉爾，于是一段關于找回自我、揭開過往悲劇的真相、以及拯救世界于黑死區域蔓延的宏大冒險，就此拉開了帷幕。
